尽管HIV-1在人群中传播和出现的确切时间还不确定，人们最近提出两种假说来解释HIV的突然出现和过去30年HIV-1、HIV-2的流行。一个是由Edward Hooper提出的，认为在非洲培养口服脊髓灰质炎病毒疫苗的黑猩猩肾细胞被SIVcpz毒株污染。然后在非洲的许多地区，该病毒通过直接传递，或与其他不同黑猩猩分离株重组后感染服用脊髓灰质炎病毒疫苗者。

20世纪50年代，人口服减毒脊髓灰质炎病毒疫苗的接受者与HIV-1在非洲几个区域的爆发流行有关。然而，在几个口服脊髓灰质炎病毒疫苗的瓶中尚未找到黑猩猩的病毒DNA证据。另外，SIVcpz不能在人肾脏细胞中很好地生长。在口服接种疫苗的过程中，口腔中抗HIV的天然物质似乎也可以有效阻止SIVcpz毒株的传播，但该假说不能解释HIV-2的出现。

另一个观点是由Preston Marx和同事及一些人提出的，他们认为随着过去60年里针头注射器的使用，使得这个很可能在非洲人群中存在很久的病毒得到广泛传播。他们认为森林的开采和狩猎活动的增加提高了人类暴露SIV的机会。因而，在后殖民地的非洲，不安全的注射和输血使转移到人的SIV毒株通过一系列途径，包括重组，在人群中适应下来，并且在非洲HIV血清阳性与接受医疗注射有密切的关系。

这种病毒转移的方式可以部分解释HIV-2的出现，由于它与猴SIV的相似性也提示可能出现偶然转移和人类感染SIV，并且针头注射器有利于其传播。然而，非洲AIDS病例的分布并不一定与针头注射器使用有关。另一种还未完全探究的可能性是全世界范围的对天花的免疫，可能通过污染了的注射材料传播该病毒。再者，这些疫苗使用的时间段对于解释AIDS的流行似乎太短了。